本届奥运会的多项赛事赛程与往届不同，有关赛程安排、赛制规则也相应做出了一些变化。这也让运动员和运动队改变了备战节奏。

　　2018年，日本游泳协会与国际泳联确认，东京奥运会游泳决赛最终没能按照日本当地时间晚上的黄金时段举行，而是按照电视转播的持有者，美国广播公司的要求，在北美时间的晚上，也就是日本的时间早上进行。赛制的变化让运动员们不得不打破生物钟。对此，中国游泳队曾表示，只有在训练中去适应，积极调整和应对，好在张雨霏、徐嘉余等运动员随着备战调整和多场赛事的磨砺，已经逐步适应新赛程。

　　篮球赛制的改动则让比赛充满更多不确定性，根据国际篮联公布的东京奥运会篮球比赛的赛制，小组赛阶段将分3个小组进行循环赛，小组出线后，1/4决赛对阵由抽签决定。新的规则致使淘汰赛的对阵迎来质变，最受争议的当属出线后重新抽签的规定，如此以来，小组第一失去以往对阵弱旅的特权，他们将很有可能在1/4决赛阶段遭遇更强的对手。遗憾的是，中国男篮这次无缘奥运，期待女篮有精彩的表现。

　　与此同时，东京奥运会乒乓球团体赛赛制也迎来新的变动，首盘比赛为双打比赛，其余4盘为单打对决。率先拿到3盘胜利的球队胜出，再加上每盘比赛五局三胜的规则，更给比赛增添悬念。一旦首场双打意外失利，或是在单打比赛中由于状态慢热局分落后，将极有可能决定一场比赛的走势，因此，即使是名将云集的中国乒乓球队，此番东京之行也不能掉以轻心。

　　作为奥运夺金大户，中国举重队在各级别上均有世界顶级运动员，甚至会出现在大赛中会出现一个级别有2名队员参赛的"双保险"。但在2019年7月，国际举联修改了东京奥运会举重项目的规则，每个国家和地区协会，只能派4名男选手和4名女选手，相比之前可以派出6男4女，减少了2名男子选手，且一个级别一个国家只能派出一名代表。新规则下，不但减少了中国举重的冲金点，也让项目双保险的优势不复存在。

　　此外，出于疫情防控的考虑，东京奥运会在防疫手册上明确要求运动员，除了吃饭、睡觉、训练和比赛时间外确保始终戴着口罩。值得一提的是，根据防疫手册，如果运动员在参赛过程中感染新冠，将不会被取消比赛成绩，而是会获得相应的保底成绩。比如一名选手闯入冠军争夺战但被查出感染，这名因感染无缘决赛的选手，也能获得决赛中所保底的一枚银牌。